醫學研究的基本程序是指一項研究課題從開始到終止所經過的步驟。大體經過選題、申請、實施、總結、鑒定、報獎及推廣轉化等幾個基本程序。科研經常性管理必須圍繞著基本程序進行，保證研究工作順利開展、達到出成果、出人才、出效益的目的。科研經常性管理包括計劃管理、成果管理、經費管理、人才培養、科技檔案、學術交流等。
醫學科研計劃管理的內容
醫院根據發展目標、方針和政策，結合醫院的實際情況，發揮優勢和特點，制訂相應的科研規劃和計劃。醫院的科研規劃和計劃應參照國家和地方的規劃和計劃精神，根據防病治病原則，結合醫院實際情況加以制訂。除了制訂相應的科技規劃和計劃外，還要把計劃管理的重點放到課題計劃上。
主要抓好科研課題的選題、開題論證、同行評議、督促檢查、組織協調、及時申報，核心是抓科研課題設計。課題計劃管理由兩部分內容組成：立題管理和實施管理。課題計劃管理的具體內容主要包括選題、申請、實施和總結等。
一、選題方面，要把握好“度”
選擇課題就是選擇確定自己的主要研究方向，它決定著整個科研工作的價值和成敗。愛因斯坦曾說：“提出一個問題往往比解決一個問題更重要，因為解決問題也許僅僅是一個數字或技術上的技能而已，而提出新的問題、新的可能性，從新的角度去看舊的問題卻需要創造性的想象力，而且標志著科學的真正進步。”因此，科學地選擇課題，是科學研究中具有戰略意義的首要問題。
（1）選題原則
科學性原則：要符合客觀規律，有一定的理論和實踐依據。
目的性原則：必須以學科發展為目的，與學科主攻方向相一致。
創新性原則：創新應是前人沒有研究過的或是已有研究工作上的再創造，包括新發現、新設想、新見解，也可以是新理論、新技術、新方法或開拓的新領域，要防止低水平的重復。
競爭性原則：注重對跨學科、跨系統聯合攻關的管理研究，形成獨具醫院特色的科學研究發展方向，提升競爭力。
（2）選題注意事項
選題必須明確主攻方向，具備科學性和創新性，體現受試對象、處理因素、效應結果三要素。通過查新，摸清該科研領域內國內外的研究現狀，包含技術方法和手段、發展趨勢等，以判斷所選課題研究價值。
選題后要先對課題研究方案進行可行性分析，以確定可以的設計是否周密、方法是否科學、路線是否合理以及技術是否先進可行。
準備好開題報告，接受同行考核評議，以審定該課題是否具備立題條件。
二、課題申請，要講“規范”
（1）申請書的撰寫
確定選題后，如何將自己的研究思路充分表達出來，使同行專家和主管部門認可便成為關鍵。能否寫出一份高質量的申請書，不僅體現了研究者的學術水平，也是申請課題競爭性強弱的關鍵。主要內容包括：立論論據、研究方案、研究基礎、經費預算及來源的。
（2）課題質量控制
醫院應強化創新意識，把握學科前沿，努力提高申請課題的質量和總體水平，主要內容包括：管理部門把好形式審查關，學術委員會把好學術水平質量關和上報審批。
三、課題實施，要講“實效”
課題實施管理是指在選定課題后，管理者和負責人在職責范圍內對課題實施過程中各種基本要素進行有效的協調控制和綜合平衡，以實現課題的一系列活動。
（1）落實計劃，明確職責
課題負責人對課題的完成負有全責，要認真對好課題的組織，指揮、協調工作，嚴格掌握課題進度，合理安排經費使用，負責對課題進行小結、總結和匯報以及組內人員的指導與考核，建立一套組內共同遵守的規章制度，以保證研究工作有條不紊地開展。醫院科研管理部門是課題完成的保證單位，應負責監督、檢查課題履行情況及課題的驗收工作，并協調解決課題執行過程中出現的各種矛盾與糾紛。
（2）定期檢查、掌握進度
為全面掌握課題執行情況，必須建立研究工作檢查制度。檢查的目的在于及時了解情況，及時發現問題和解決問題，這是保證科研計劃順利進行的有效手段。對課題計劃的執行情況進行檢查，內容包括計劃實施、條件落實、經費使用情況以及遇到的困難等，以便及時協調解決。
（3）按期結題、及時總結與驗收
課題按規定時間結束后3個月內，管理部門應督促課題負責人認真撰寫出科研課題結題報告。報告內容包括結題簡表（研究概況）、研究內容及研究簡要經過，取得的主要成果及意義，達到的主要技術經濟指標，對研究成果的評價和建議，完成論文論著目標和經費使用決算等。
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