高校、科研機構等創新主體承擔的科研項目根據經費來源，一般分為縱向項目和橫向項目兩大類。
縱向項目是指從國家部委和各省市納入財政計劃的科研撥款中直接獲得經費的項目，如國家重點研發計劃、自然科學基金等。橫向項目一般是為具體部門、企業等主體解決工作中的難題和技術攻關而立項，通過提供技術開發、技術咨詢等服務而獲得經費和酬勞的合作形式，不涉及財政資金。縱向項目和橫向項目在經費管理方面存在較大區別，經費的激勵分配也不盡相同。
一、縱向項目：間接費用可全部用于績效支出
對于縱向項目，高校院所須按照國家和所在單位的相關制度嚴格執行，資金使用范圍有明確的規定，人員激勵分配機制也較為明確。
2021年8月，國務院辦公廳印發《關于改革完善中央財政科研經費管理的若干意見》（國辦發〔2021〕32號），在加大科研人員激勵力度方面，提出：
一是間接費用可全部用于績效支出。財政科研項目資金支出分為直接費用和間接費用。前者是指在項目研究過程中發生的與之直接相關的費用，如設備費、材料費、測試化驗加工費、勞務費、專家咨詢費等；后者是指項目在組織實施過程中發生的無法在直接費用中列支的相關費用，包括管理費用、績效支出等。
其中，間接費用按照直接費用扣除設備購置費后的一定比例核定，由項目承擔單位統籌安排使用。《若干意見》規定，項目經費500萬元以下的部分，間接費用比例為不超過30%，500萬元至1000萬元的部分為不超過25%，1000萬元以上的部分為不超過20%；對數學等純理論基礎研究項目，間接費用比例進一步提高到不超過60%。項目承擔單位可將間接費用全部用于績效支出，并向創新績效突出的團隊和個人傾斜。
二是穩定支持科研經費可提取不超過20%作為獎勵經費。允許中央級科研院所從基本科研業務費、中科院戰略性先導科技專項經費、有關科研院所創新工程等穩定支持科研經費中提取不超過20%作為獎勵經費，由單位探索完善科研項目資金激勵引導機制，激發科研人員創新活力。獎勵經費的使用范圍和標準由試點單位（擴大至所有中央級科研院所）自主決定，在單位內部公示。
《若干意見》提出“合理核定績效工資總量”，但未直接明確間接費用中列支的績效支出，以及從穩定支持科研經費中提取的獎勵經費，與國有企事業單位績效工資總量管理之間的關系，但我們看到部分地方科技計劃項目經費管理辦法已有所突破。
例如，2021年9月北京市財政局和北京市科委、中關村管委會印發的《北京市科技計劃項目（課題）經費管理辦法》（京財科文〔2021〕1822號）規定：實行工資總額管理的承擔單位從科研經費中列支的編制內有工資性收入科研人員的績效支出，一次性計入當年本單位績效工資總量，但不受核定的本單位績效工資總量限制，不作為核定下一年度績效工資總量的基數，不作為社會保險費繳納基數。
2023年2月廣州市科技局印發的《廣州市科技計劃項目經費管理辦法》（穗科規字〔2023〕2號）明確：項目承擔單位屬事業單位或國有企業的，在間接費用中列支的績效支出以及從穩定支持科研經費提取發放的獎勵支出，納入單位績效工資總量單列管理，不計入單位績效工資總量調控基數。
二、橫向項目：經費支出一般按約定執行
對于橫向項目經費使用，一般從雙方合同約定，也有一些單位和地方給出相關指導意見或管理規定。
例如，2016年8月中科院和科技部聯合印發的《中國科學院關于新時期加快促進科技成果轉移轉化指導意見》（科發促字〔2016〕97號）規定，對橫向課題經費和縱向課題經費施行分類管理，橫向課題經費管理實行合同約定優先；院屬單位應與合作單位依法簽訂合同或協議，約定任務分工、資金投入和使用、知識產權歸屬、權益分配等事項，經費支出按約定執行。
2018年11月湖北省財政廳印發的《湖北省省屬高校院所橫向科研項目經費管理辦法》（鄂財教規〔2018〕9號）規定，橫向科研項目結題驗收后，結余經費由研發團隊（研發團隊公司）自主使用。鼓勵研發團隊（研發團隊公司）用結余經費進行后續科研活動；鼓勵研發團隊（公司）用結余經費以創業資本或增資入股形式創辦科技企業；鼓勵研發團隊（研發團隊公司）用結余經費為招收的全日制本科生、碩士研究生、博士研究生繳納學費。
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