1、合法性原則
依法辦事是政府采購工作的首要準則，也是制定政府采購內部控制制度應遵守的首要原則。政府采購內部控制制度建設應當嚴格遵守《政府采購法》、《招標投標法》等相關法律法規的規定，以免擾亂政府采購市場經濟秩序。
2、適應性原則
政府采購內控制度的建設應當符合我國實際，與政府采購的特點和要求相適應，只有如此才能使政府采購內部控制制度適應政府采購管理要求并發揮作用。
3、規范性原則
政府采購內控制度應當對政府采購的各項工作進行全面規范，使政府采購工作嚴格按照規章制度有序進行。即政府采購的每個過程、部門、環節，包括單位內部、單位與單位都要相互牽制；既要事中控制，還要實施事前和事后控制等。
4、科學性原則
政府采購內控制度的建設要符合科學性的原則，即制度既要有科學合理的可操作性，又要使其符合并體現政府采購活動中諸如采購方式、評標方法的科學性，不能違背相關的會計、統計、管理學科的基本方法和要求。
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