組學文章的分析圖同質化太嚴重？
小維自有妙招，且看第二式——。
自上次給大家介紹了別開生面的組學差異分析圖后，收到很多老師的一致好評，同時也收到一些挑戰，比如“介紹的這些圖只展示了上下調的數量、差異倍數等等，那如果我想展示差異物質的類別怎么辦？”那么今天再給大家介紹2個差異相關的分析圖。老規矩，我們以代謝組為例，大家可以舉一反三將以下分析用于轉錄組、蛋白組、微生物組等。
差異物質分類散點圖
1.分析圖介紹
差異物質分類散點圖融合了物質差異情況和物質所屬類別的結果，從這個圖里可以直觀看出哪種類型的物質檢出最多，每類物質在比較組中的差異情況。下圖的橫坐標為代謝物類別，一種顏色代表一類物質，縱坐標為差異顯著性，對P-value值做了-log10處理。正三角代表上調物質，倒三角代表下調物質，圓點為無顯著差異的物質，三角形/圓形的大小代表VIP值的大小。
圖1差異物質分類散點圖
2.作圖教程
授之以魚不如授之以漁。如果我們沒有很深厚的生物信息分析功底的話，漂亮的差異代謝物分類散點圖怎么實現呢？
首先點擊https://cloud.metware.cn/#/home，注冊登錄后，在云工具的搜索框中輸入“分類”，選擇差異物質分類散點圖小工具。此時，如果您的項目是在邁維代謝檢測完成的，可以直接使用結果文件夾中的表格，位置在2.Basic Analysis→打開需要做圖的分組文件→選擇后綴是info的表格（如下圖）。找到表格后，直接在輸入文件處上傳，點擊提交即可。如果您需要自己整理表格，可參照右邊示例數據，注意列名必須包含Index, Class I、VIP、P-value和Type。
圖2 表格位置和工具輸入文件位置示意圖
差異物質分類氣泡圖
1.分析圖介紹
差異物質分類氣泡圖也是融合了物質差異情況和物質所屬類別的結果，與差異物質散點圖不同的是，氣泡圖可以展示二級分類，并且沒有VIP結果的展示。從該圖中同樣可以直觀得到不同類別物質的檢出情況和上下調情況。下圖中橫坐標為物質二級分類，一個色系代表一個一級分類的類別，顏色由淺到深代表不同的二級分類；縱坐標是對差異倍數取log2后的值，所以在0這條線以下為差異倍數小于1的物質，即表達下調的物質，在0以上為表達上調的物質；氣泡大小為差異顯著性P-value值的大小。
圖3差異物質分類氣泡圖
2.作圖教程
同樣，這里也給大家奉上作圖教程。首先點擊https://cloud.metware.cn/#/home，注冊登錄后，在云工具的搜索框中輸入“分類”，選擇差異物質分類氣泡圖小工具。如果您的項目是在邁維代謝檢測完成的，同樣可以直接使用結果文件夾中的表格，位置同上，在2.Basic Analysis→打開需要做圖的分組文件→選擇后綴是info的表格（如下圖）。找到表格后，直接在輸入文件處上傳，點擊提交即可。注意因為二級分類眾多，會造成圖形很長，這里更建議大家挑選自己感興趣的物質類別作圖。如果您需要自己整理表格，可參照小工具頁面右邊示例數據，注意列名必須包含Index、 Class I、 ClassⅡ 、P-value和LogFC。
圖4差異物質分類氣泡圖小工具頁面示意圖
其他物質分類展示圖
1.代謝物一級分類占比圈圖
一級分類占比圈圖可以展示出哪個分類測到的物質最多，哪個類別較少，并且可以給到某個分類測到的物質數量占所有物質數量的百分比。圖形最外圈為不同類別的物質及相對含量，一種顏色代表一類物質，柱子長短代表物質相對含量數值的高低，但是需要注意在代謝組中，如果是相對定量的結果，由于離子化效率的問題，同個樣本中的不同物質是不能相互比較含量高低的，只能對同個物質在不同樣本中含量高低進行比較。從外數第二圈以線段長短代表該分類物質占總所有物質數的比例大小，該分類下物質越多，線段越長。最內圈為每類物質數量占所有物質數的比值。
圖5 代謝物一級分類占比圈圖
2.Krona分析圖
Krona分析圖在微生物組中是最常見的，但是也可以用于代謝組或其他組學，同樣美觀。最里圈為“all”，往外一層為物質的一級分類名稱，最外層為物質的二級分類名稱，數字為該分類下測到的物質數占所有物質數的比例。
圖6 物質分類的krona分析圖
3.circos關系圖
circos關系圖是根據物質類別和物質含量信息進行的圖形繪制，可以用于展示每個樣本中測到的物質類別。右邊最外圈為代謝物的類別，一種顏色代表一個分類，長度是將該分類下的物質相對含量結果進行加和后的結果，加和后的數值越高，線段越長（因為代謝物離子化效率不同，所以在代謝組中此處無具體生物學意義）。第二圈為物質存在的樣本。左邊最外圈為樣本名，一個顏色代表一組樣本，第二圈為該組樣本中測到的物質類別。中間連線為樣本與代謝物的對應關系，線條顏色和組名一致。
圖7 circos關系圖
以上分析圖均可用邁維云平臺小工具完成，平臺網址：https://cloud.metware.cn/，注冊后大家可以在“云工具”選擇對應名稱的小工具，按照右邊示例數據整理好文件，輸入文件，即可快速出圖啦~
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